D’après Adolphe Seyboth, l’appellation Bi den bedeckten Brucken est déjà en usage en 1300. On trouve ensuite aussi Uf dem Thenne (sur l’aire, à battre le grain).
Les quatre tours qui remontent au XIII° siècle servaient à défendre la ville en amont des moulins avant que la rivière ne se separe en plusieurs biefs, Elles suivent le modèle des tours qui s’élèvent à intervalles réguliers le long du rempart, comme celle au bout de la rue de la Fontaine (rue Adolphe-Seyboth, Henckersthurn ou tour du bourreau). Des éperons établis par la suite en amont facilitent la défense. Les tours étaient reliées par trois galeries couvertes dont deux sont reconstruites en pierre (1468) puis démolies (1557) pour être remplacées par de nouveaux ponts en bois garnis de grilles et de herses. Les galeries sont démolies en 1784 et remplacées par des passerelles en bois. Les ponts actuels en grès datent des années 1860 (d’après Adolphe Seyboth, éd. en all. p. 165).
L’appellation Obere Gedeckte Brucken distingue ces ponts en amont de la ville de ceux en aval, Niedere gedeckte Brucken le long du canal de navigation à la Krutenau, dans la partie inférieure de l’actuelle rue de Zurich.
Le Bastion de la Bruche, quartier militaire créé par les Français après 1681 entre la rivière et la porte Sainte-Elisabeth, est aussi appelé Quartier des Ponts-Couverts.
Les tours sont en général désignées collectivement. Certains documents leur attribuent un nom particulier, la Maltzerthurn (tour des lépreux, 1492) ou Almosenthurn (tour de l’aumône, 1562) se trouve à côté du péage d’amont (Oberer Wasserzoll, quai de la Bruche, démolie en 1869), suivie de la Heinrichsthurn (tour Henri, 1474), de la Hans von Altheim Thurn (tour Jean von Altheim, 1474) puis de la Hannemansthurn (tour Hannemann ou Jean 1474) ensuite Tour des Français (Frantzösischer Thurn) qui a servi de prison militaire après la Capitulation. Les tours des Ponts Couverts et la batterie proche sont classés au titre des Monuments historiques le 6 juillet 1928 et le 16 février 1930.

Gravure de Wenzel Hollar (1630, 1664)

Tours des Ponts Couverts vers 1850, huile sur toile de Georges Jones (Musées de Strasbourg, publiée dans Strasbourg, éd. Contades)
Vers 1865, lithographie d’après Maugendre. La tour de gauche (Maltzenthurm) qui a perdu son toit suite à un incendie en 1863 sera démolie en 1869 (publiée sur Archi-wiki)

Plan de Daniel Specklin (1576) repris au XIX° siècle par Lessing (ADBR, cote 1 L 1)
La légende indique que les tours sur la rivière étaient déjà construites en 1332 et qu’elles sont pourvues de créneaux de chaque côté. Deux des ponts de bois sont remplacés par des ponts en pierre en 1468-1470, à nouveau remplacés vers 1570 par des ponts en bois garnis de pieux servant à les protéger (Wasserthörne vor 1332 haben deren 4 Zinken auf jeder Seite wie die Mauren. Zwei der hölzernen gedeckten Brücken durch steinerne ersetzt 1468-70. Wieder von Holz 1567-70-75 mit Schutzgattern von Pfählen)

La Ville fait construire trois ponts en pierre aux Ponts Couverts, le pont n° 2 en 1863, le n° 1 en 1864 et le n° 3 en 1870.

Devis et adjudication du pont n° 2

1863. Enregistrement de Strasbourg, ssp 137 (3 Q 31 636) f° 24-v du 31.3.
24 octobre 1862 – Devis estimatif des travaux à exécuter pour la reconstruction en maçonnerie du Pont couvert N° 2 à Strasbourg montant à la somme totale de 77.043 frs dressé et signé par l’architecte de ladite ville

1863, acp 520 (3 Q 30 235) f° 63-v du 31.3.
Maire 17.3., approuvé le 26
Procès verbal d’adjudication des travaux à exécuter pour la reconstruction en maçonnerie du Pont couvert n° 2
à Louis Huber Entrepreneur à la Robertsau au prix de 75.502 francs

Devis et adjudication du pont n° 1

1864, Enregistrement de Strasbourg, ssp 140 (3 Q 31 639) f° 47-v du 13.9.
29 avril – Devis estimatif des travaux à exécuter pour la reconstruction en maçonnerie du Pont couvert N° 1, montant à le somme totale de 65.439 fr. 50 cts, dressé et signé par l’architecte de la Ville de Strasbourg, et approuvé par Mr le préfet le 13 juillet 1864

1864, acp 536 (3 Q 30 251) f° 2 du 13.9.
Maire 21.7., approuvé le 22 août
Procès verbal d’adjudication des travaux à exécuter pour la reconstruction du Pont couvert N° 1 à Strasbourg
à Edouard Krafft ingénieur à Strasbourg, moyennant une évaluation de 61.513 francs

Devis et adjudication du pont n° 3

1870, Enregistrement de Strasbourg, ssp 154 (3 Q 31 653) f° 86 du 10.8.
23 février – Devis des travaux de reconstruction du Pont couvert n° 3 à Strasbourg, travaux estimés 63.185 francs

1870, acp 595 (3 Q 30 310) f° 39 du 10.8.
Maire 4.7. approuvé le 25 juillet
Procès verbal d’adjudication des travaux de reconstruction du Pont couvert n° 3
au profit du Sr Zobel entrepreneur à Strasbourg moyennant 58.130 francs